En el mar de Galápagos confluyen las corrientes de El Niño, de aguas cálidas y la Corriente del Humbolt, de aguas frías. Estas condiciones permiten el desarrollo de por lo menos 307 especies de peces, de las cuales el 25 por ciento son endémicas.

La cadena alimenticia del mar de Galápagos comienza con los invertebrados cuyo hábitat es la lava. Los peces pequeños viven en las grietas rodeados de los peces grandes y presentan una gran variedad de colores.

En el fondo del océano se deslizan las rayas, mientras que en la superficie las mantarrayas sorprenden con su saltos. Esta especie es común en las aguas cálidas, se alimentan de plancton y peces pequeños.

Las mantarrayas se desplazan en grupos de treinta y en Galápagos, se les puede ubicar alrededor de las islas Floreana o Isabela.

Dentro de la riqueza marina también encontramos medusas, esponjas, moluscos y cangrejos. El más vistoso es el cangrejo "Sally pies ligeros" de color anaranjado que se puede encontrar en las rocas.

Algunos cetáceos como delfines, ballenas y marsopas se puede apreciar en épocas migratorias. Entre ellos, se encuentra la orca y el delfín blanco.