Los llamados árboles de papel o bosques polylepis son los más sobresalientes en el Ilinizas. También encontramos pajonales, chuquiraguas, chochos de monte, puyas y pequeñas flores amarillas.

En la reserva crecen unas plantas llamadas "orejas de conejo", plantas adaptadas al frío y al inhóspito suelo.
En la zona del volcán Quilotoa se cultiva papa, cebada y chochos, aunque los animales introducidos en el ambiente han alterado la flora del lugar. Estudios científicos revelan que hay 82 especies útiles para la medicina. En los bosques, ubicados en el lado occidental de la reserva, crecen helechos, matapalos, tachuelos, alisos y orquídeas.
Dentro de las especies de fauna, destacan los osos de anteojos, pumas y venados.

La reserva ecológica Ilinizas posee recursos naturales muy atractivos para los turistas. Pero hay que decir que todavía no tiene una buena infraestructura. Hay servicios básicos en ciertas poblaciones. Algunos colonos se encuentran ubicados dentro del área protegida y esto hace difícil el manejo de la reserva.

En fin, quien esté dispuesto a conocer un paisaje singular, puede aventurarse a estar dentro del cráter apagado del Quilotoa o en la misma cumbre del Iliniza. El paisaje de los páramos y la lejana figura del Cotopaxi son razones suficientes para no olvidar los Ilinizas.