Galápagos es famosa por la gran cantidad de tortugas gigantes, que sólo habitan en este lugar y en el mar Indico. Según la leyenda, estos reptiles pueden vivir durante muchísimos años, se dice que en 1770 el capitán Cook, regaló una tortuga a la reina de Tonga y que el animal sobrevivió hasta 1966.

Una de las especies más atractivas para los investigadores, es el león marino de Galápagos, una subespecie de California. También se encuentran los osos marinos, que son más peludos y prefieren vivir en colonias.

En Galápagos se pueden encontrar hasta 58 especies de aves entre marinas y terrestres, 28 son originarias de las islas, mientras que las restantes son migratorias. Las aves del archipiélago no tienen miedo a los seres humanos, por la ausencia de depredadores naturales.

El invierno (de octubre y febrero), es la mejor época para el estudio de las aves, porque las islas son visitadas por las especies migratorias y, además, es el periodo de reproducción.

Las aves terrestres que habitan en las islas son los pinzones de Darwin, los sinsontes (destacan por sus rayas grises y pardas), las tórtolas terrestres y el ratonero busardo de las Galápagos.

Entre las aves marinas sobresalen los albatros que viven en la Isla Española. Son característicos sus desfiles de cortejo, donde las aves "bailan" mirándose y hacen chocar sus picos como si estuvieran practicando esgrima.

También llama la atención el piquero camanay, porque sus patas son de un colorido azul. Su ritual de cortejo también es gracioso, mueven sus patas e intercambian, como si fueran regalos, algunas ramas de los árboles.

Otras aves que habitan en Galápagos son: las rabihorcados (los machos tienen un bolsa gular de color escarlata, que se infla en la época de apareamiento); la gaviota fuliginosa (duerme en las orillas de lagunas de agua salada); el atrapamoscas bermellón (pájaro pequeño que tiene un canto musical de tono alto y construye su nido en forma de taza).
En la Isla Isabela y Fernandina se encuentra una de las especies más conocidas: el pingüino de Galápagos. En la tierra camina con lentitud, pero en el mar es una gran nadador.

El cormorán mancón, vive en la costa de esta isla. En la actualidad, sólo quedan 700 parejas de esta especie, que aunque no puede volar, siempre agita sus alas, y, al igual que el pingüino, puede nadar con mucha facilidad.