Darwin llegó por primera vez a Ecuador cuando tenía 26 años y quedó asombrado por la gran cantidad de tortugas e iguanas que viven en esta área, a la que denominó como "el paraíso para los reptiles". En la expedición científica a bordo del Beagle, Darwin recorrió en cinco semanas la mayoría de las islas principales de Galápagos (San Cristóbal, Floreana, Isabel y Santiago).

En el archipiélago encontró plantas y animales del mismo tipo. Incluso fósiles de animales extintos similares a los modernos. De esta manera, el naturalista supuso que las iguanas marinas provenían de las especies terrestres de reptiles que se extinguieron hace cientos de millones de años.

Son conocidas las 13 especies de pinzones (aves terrestres) estudiadas por Darwin. El naturalista sostuvo que estas aves evolucionaron a partir de un grupo único, por lo que concluyó que los cambios fueron graduales y que pasaron millones de años, antes de que se adaptaran a su medio ambiente y trasmitieran las nuevas características a las siguientes generaciones.

Explicó que el mecanismo de la evolución fue un proceso llamado selección natural y que la mayoría de especies provienen de una misma rama. Como resultado de sus investigaciones publicó el libro "El Origen de las Especies", en 1859.